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原名“晴耕雨讀志”,一名旅居欧洲的科研工作者的博客,每周一、四更新

Latest articles

招收博士生一枚,环境科学,全奖

利物浦大学(英国)、西交利物浦大学(中国,苏州)联合招收全日制博士生一名,环境科学专业,提供全额奖学金。 画外音:我校西交利物浦大学,她不在西交,也不在利物浦。 培养方式 作为英国利物浦大学的正式注册学生,按照英国标准培养。 年限:全日制,通常三年,可在第三年时申请额外的一年延期。经导师同意,中途可自由休学不超过一年(Gap Year)。 地点:苏州西交利物浦大学校区;可前往英国利物浦大学进行 3 个月的公费研究访学。 语言:工作语言为英语。 学位:授予英国利物浦大学博士学位,英国教育部和中国教育部认可。 导师:赵鹏博士(也就是我,西交利物浦大学)和 Prof. Andrew Morse(英国利物浦大学)联合指导。 画外音:Prof. Morse 负责学生在英国访学期间的直接指导,以及指导我如何指导学生。另外还有两位联合导师,分工比重相对较小,恕不列出。...

《现代统计图形》正式出版

经过 14 年三天打鱼两天晒网的持续努力,我们这本《现代统计图形》终于正式出版了!网站。 仅 14 年而已;再过 2 年,杨过就可以见到小龙女了。 插图:我设计的封面,美工进行了加工;谢益辉写的诗,郑州十一中的范晓太先生做了修改。范先生是我的中学语文老师 一本新书 书名:现代统计图形 作者:赵鹏,谢益辉,黄湘云 出版社:人民邮电出版社 系列书名:图灵原创 书号:978-7-115-56690-4 页数:304 印刷方式:单色,附加彩页 开本:16开 一则旧事 这本书此前并未在本公众号上宣传过(实在是因为这事儿拖得太久),这里做个简单介绍: 《现代统计图形》本是谢益辉大神侠早年撰写的一本开源书稿,自从公开之日起就极受欢迎,我当年也从中受益匪浅。现在,网上仍能搜到前...

将幻灯忍者 xaringan 幻灯片发布到网上的方法

xaringan 做的幻灯片发布到网上的好处有很多,例如凡有网处皆可访问,例如每页幻灯片都有个固定网址方便引用等等。 发布到网上的方法有很多种,简单做个笔记: Github 法 将 xaringan 制作的一个幻灯片的文件夹(简称幻灯片文件夹)作为一个 repo 发布到 GitHub,然后在该 repo 的settings 里开启 page 功能,就可以用 your_id.github.io/your_repo 来访问幻灯片了。 示例:https://pzhaonet.github.io/mindr-slides 参考:https://github.com/yihui/xaringan/wiki/Deploy-Slides-Online Hugo + netlify 法...

用 markdown 的逻辑写 R 脚本注释(2)

上回我抱怨没有现成的函数直接把 .R 脚本直接转换成 .Rmd 文档,于是自作聪明写了一个,结果很快 yihui 就留言说,有啊,knitr::spin() 就可以。我就去研究了一下这个函数,发现比我写的那个要漂亮得多。 我的心情很复杂。 话说诗仙李白当年游山玩水,看见什么就写什么,留下的诗篇个个照耀千古。有一天,他来到了黄鹤楼,照例诗兴大发,正待提笔,突然看见了墙上有前辈崔颢题写的一首七律: 昔人已乘黄鹤去,此地空余黄鹤楼。 黄鹤一去不复返,白云千载空悠悠。 晴川历历汉阳树,芳草萋萋鹦鹉洲。 日暮乡关何处是,烟波江上使人愁。 李白又惊又喜,提笔想写,却发现根本写不出来。又好笑又好气,李白终于憋出了四句: 一拳捶碎黄鹤楼,一脚踢翻鹦鹉洲。 眼前有景道不得,崔颢题诗在上头。...

金庸早已远逝,我辈江湖犹存

1 那天清晨,墙外淅淅沥沥。披衣起身推窗,扑面是微寒秋雨。 此地名叫埃伯巴赫修道院(Kloster Eberbach),位于莱茵河畔,历史有近千年,至今保留着中世纪的建筑风格,用中文来说就是“千年古刹”。而今,它以盛产雷司令酒和电影《玫瑰之名》闻名于世。 一群朋友在此逗留,闲来去周遭爬山。但见山路两侧橙红橘绿,遥望远方层林尽染,竹杖芒鞋谈笑风生,秋叶被雨打落一地,颇有《神雕侠侣》末章华山论剑的意味。 途径修道院旁侧一处院落,影绰绰有人手持扫把扫地,“沙沙”作响。同行的年轻人言到:莫非是个扫地僧?扫地僧是乔峰他爹吧。众人笑,说乔峰他爹谁你都没弄清,你这个博士还是回炉接着读书吧。 两小时后,传来了金庸逝世的消息。 那天是 2018 年 10 月 30 日,旧历戊戌年九月二十二。 秋风清,秋月明,...

用 markdown 的逻辑写 R 脚本注释

九阳真经 跟很多业余程序员一样,我意识到给代码写注释的重要性时,已经很晚了。是什么时候呢?差不多就是隔一段时间再打开自己写的旧代码时。我惊讶得下巴都快掉了:这是我亲手写的吗?怎么一点都看不懂?这要是打假说我是抄袭,那真是百口难辩。 所以,代码里的注释很重要,读者是未来的自己。好的注释不仅能把事儿说清楚,还可以写得波澜壮阔,跌宕起伏。就像我在 《学 R》一书里写的: 如果你乐意,那么完全可以在注释里偷偷写一部小说,就像《倚天屠龙记》里有人在《楞伽经》夹缝处写下《九阳真经》一样。 — 《学 R》第一章 “初见” 然而,作为一名未经规范培训的 R 语言爱好者,我一直不太清楚注释里的说明文字怎么写才好。在网上搜吧,例如流传甚广的来自Google的R语言编码风格指南,然而对注释的建议寥寥几笔就说完了。看别人怎么写吧,但大家的写法五花八门,随心所欲。印象深刻的,就是有个同事会以...

让人纠结的 ggplot2

R 语言的 ggplot2 包很美很酷。比如,基于 ggplot2 做出的配对儿图是这样的: 而在 ggplot2 出现之前,用基础包和其他包做出来的配对儿图顶多是这样的: 确实差好几条大街。 然而,ggplot2 简单的指令还好办,稍微需要调整一下的作图方法,我始终没法熟练掌握。 我觉得主要原因就是 ggplot2 作图的细节调整太难。 科研工作的主要内容就是发表论文,而论文投稿后,审稿人会提出五花八门的修改意见,包括对插图的细节调整,有时候很变态,有时候很无聊。在不影响内容的前提下,照做才能顺利通过,死扛的话可能会被拒稿。 有一次,有个审稿人要我减少相邻子图之间的间距,或者共用同一个纵轴的刻度和 ylab。 还有一次,有个审稿人是色盲,要求更改图中某几个点的颜色。 这个事儿在基础作图里信手拈来,但是...

如何在 R 语言相关论坛求助

求助!求助!十万火急! 在 R 语言相关论坛发布求助帖之后,是不是急着等人响应?可惜惊叹号没啥用。如果按以下格式发帖,效果会胜过十万个惊叹号。 1. 模板 1.1 帖子标题 求助:在做啥的时候遇见的啥问题{用一句话概述遇到的问题} 1.2 正文 问题描述 我在进行啥操作,目的是得到啥啥结果,但是遇到了如下问题:…… 我的代码、示例数据和运行结果 贴出代码和数据,让别人拷贝粘贴过去就能直接重现这个问题,以便得到最快的帮助。推荐使用 reprex 包的reprex() 函数 和基础包的 dput() 函数。详见后面的示例。 我的系统环境 在 R 里运行 sessionInfo() 函数,将返回的信息贴出来。 2. 发帖示例 这是一位朋友在统计之都论坛提的一个问题。原帖已经写得很好了,然而仍有改善的空间。让我们根据上面的模板,将这篇求助帖修改如下:...

外行 R 包开发手记:mindr

在 CRAN 发布的几个包里, 我对 mindr 情有独钟。它像 pinyin 包一样,结构简单清晰。它得到的用户反馈不像 bookdownplus 包那样让我手足无措。相反,在跟用户的互动中,mindr 在成长,越来越酷。开发升级 mindr,是个很愉快的过程。 (1) mindr 最初的功能只有两个:一是把 markdown 文本里的标题提取出来,转成思维导图;二是反向操作,把思维导图里的节点按级别转换成 markdown。 想不起来当初是什么让我萌生了开发 mindr 的念头。最大的可能,是在写《学 R》的时候,我想给出版社呈现一个漂亮的大纲。 对,应该就是这样的,要不然还能是什么?记得我打开 Xmind,把书稿里的标题一个一个拷贝粘贴进来。这时老毛病又犯了:这个过程很机械枯燥,为什么不能自动完成呢?...

外行 R 包开发手记:pinyin

玩 bookdown 直接催生了两个包的诞生。上一篇说了 bookdownplus, 这回说说 pinyin。 时隔一年多,我再回头去看 pinyin 这个包,就跟回顾 bookdownplus 是类似的:这玩意儿也算个包? (1) 先说说 pinyin 包的来历。使用 bookdown 写书,bookdown 会以各章标题为名称,来生成对应的 html 文件。如果标题是英文,那 html 文件就跟标题相同,而标题一般是不会重复的,html 文件自然也不会重名;如果标题是中文,那 html 就生成一串谁也看不懂的字符,只要不重复就行。然而我发现了一个问题,就是如果标题是中英文混合,那么 bookdown 只提出其中的英文,来作为 html 文件的标题,这样出现不同章节重名的可能性非常大。...

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