前段时间，看到ANNOVAR在文档里更新了一个可以自行更新Clinvar数据库的脚本，ANNOVAR更新Clinvar的频率，一般是半年到一年才更新一次。 恰好又看到Github新推出了“Flat Data”，就想着是不是能够像Flat Data一样，抓取Clinvar数据库，然后定期更新成ANNOVAR数据库；可惜研究了一圈，Flat Data的示例都是使用JavaScript或者Typescript脚本的。 ​ 此路不通，那就换一条路，使用David Baux的脚本和Github Actions来实现以下目的： ​ 定时从NCBI抓取Clinvar的VCF更新（Github在国外，下载快）； 转换成ANNOVAR的数据库文件（省却下载到服务器再处理的步骤）； 发布到Github...

与上述信息同样高度契合的，是微信公号 “小山狗” 1 月 28 日曾发布过的一篇题为 “记录一下首次发现新型冠状病毒的经历” 的文章。作者在留言区自称就职于位于广州黄埔的一家民营企业，文中记录：“2019 年 12 月 26 日刚上班，还是如往常一样先大概浏览一下这一天的 mNGS 病原微生物自动解读结果。意外的是，发现有一个样本报出了敏感病原体 ——SARS 冠状病毒，有几十条的序列，且这个样本只有这么一个有意义的病原体。心头一紧，赶紧后台查看详细的分析数据，发现相似度并不算很高，只有大约 94.5%。为了确认结果的可靠性，开始了详细分析。探索版的分析结果提示这个病原体跟 Bat SARS like coronavirus（蝙蝠类 SARS 冠状病毒）最相似，整体相似度在 87% 左右，而跟...

最近在流程debug时，和同事发现一个perl脚本有问题；然后发现这个perl脚本是别人打包好的，所以看不到源码。我就想把这个perl脚本给解包（不敢称为反编译，因为实际上也没做反编译）了。因为打包perl脚本这事，我以前也做过，所以我觉得应该可行。 如何用PAR来打包perl程序 首先，一般打包perl程序，现在应该是使用PAR::Packer打包perl程序，具体参数参考http://search.cpan.org/~rschupp/PAR-1.015/lib/PAR/Tutorial.pod。打包的命令如下： pp -g -B -o xxx xxx.pl # -g 生成二进制程序, -B 将各种依赖项打包进去, -o 生成的文件名 解包PAR打包的perl程序 首先运行一次程序，然后在...

找了很久PBS的文档，阿里云的PBS应该是OpenPBS，现在名字叫做PBS Pro，找了很久才找到个18.2版本的说明书，虽然服务器上的是18.1，但是版本相差不大，应该也通用。 PBSUserGuide18.2.pdf 然后最近写到一个程序，想要先等某些任务执行完才继续执行后面的任务。虽然snakemake也可以qsub提交任务，但是snakemake还不是很熟练。而我的Python脚本，需要自定义计算的地方很多，用snakemake也不方便，于是就想找PBS原生的实现方法。 在网上搜索，找到 -hold_jid 和 -W depend 两种，一开始觉得 -hold_jid 这种比较简单明了，但是阿里云的 qsub 很多参数都不支持，其中 -hold_jid 就不支持。 用-W depend属性去修改...

VPS基本设置好后，开始想在上面放一些自动化的东西，那么我们就需要一个机器人，设想的目的是，我们在常用的社交软件发送一条命令或者设置好的指令，机器人就会在VPS上自动执行，并返回结果。 这种机器人，最好的示例可以参考湾区日报是如何运作的？和湾区日报的第一个 “员工”：Slack/Hubot 但是我们暂时实现不了定制化那么高的任务机器人，刚好我在telegram上看到有一个机器人，也比较简单，那么我们就用它来搭建在telegram上的机器人。效果参考下图： image.png image.png 搭建shell-bot机器人 该机器人的repo在botgram/shell-bot，参照作者给的安装流程。 创建机器人帐号 点击此链接与Telegram的BotFather聊天，发送...

家里的网络有点差，之前买的VPS，直接连接SSH，输命令时有时卡卡的，于是就想到之前看到过的mosh。引用维基百科的话来介绍一下mosh的特性。 mosh不绑定使用者端的 IP address，这使得使用者从移动网络（像是 3G、4G）与 WiFi 之间切换时，不会造成连线中断。 mosh保持连线开启，当此用者断线时，服务器端只会认定为暂时离线（sleep）让使用者可以稍候连回来。相对的，SSH 因为透过 TCP，在使用者断线时会造成连线中断。 mosh会试着在本地端马上显示使用者所输入的按键，这使得使用者会感觉到更少的延迟。 CentOS安装mosh CentOS安装mosh比较简单，使用yum install mosh就可以。如果你提示错误，参考Reference里的文章，可能需要先添加源。...