前段时间,看到ANNOVAR在文档里更新了一个可以自行更新Clinvar数据库的脚本,ANNOVAR更新Clinvar的频率,一般是半年到一年才更新一次。 恰好又看到Github新推出了“Flat Data”,就想着是不是能够像Flat Data一样,抓取Clinvar数据库,然后定期更新成ANNOVAR数据库;可惜研究了一圈,Flat Data的示例都是使用JavaScript或者Typescript脚本的。 此路不通,那就换一条路,使用David Baux的脚本和Github Actions来实现以下目的: 定时从NCBI抓取Clinvar的VCF更新(Github在国外,下载快); 转换成ANNOVAR的数据库文件(省却下载到服务器再处理的步骤); 发布到Github...
与上述信息同样高度契合的,是微信公号 “小山狗” 1 月 28 日曾发布过的一篇题为 “记录一下首次发现新型冠状病毒的经历” 的文章。作者在留言区自称就职于位于广州黄埔的一家民营企业,文中记录:“2019 年 12 月 26 日刚上班,还是如往常一样先大概浏览一下这一天的 mNGS 病原微生物自动解读结果。意外的是,发现有一个样本报出了敏感病原体 ——SARS 冠状病毒,有几十条的序列,且这个样本只有这么一个有意义的病原体。心头一紧,赶紧后台查看详细的分析数据,发现相似度并不算很高,只有大约 94.5%。为了确认结果的可靠性,开始了详细分析。探索版的分析结果提示这个病原体跟 Bat SARS like coronavirus(蝙蝠类 SARS 冠状病毒)最相似,整体相似度在 87% 左右,而跟...
最近在流程debug时,和同事发现一个perl脚本有问题;然后发现这个perl脚本是别人打包好的,所以看不到源码。我就想把这个perl脚本给解包(不敢称为反编译,因为实际上也没做反编译)了。因为打包perl脚本这事,我以前也做过,所以我觉得应该可行。 如何用PAR来打包perl程序 首先,一般打包perl程序,现在应该是使用PAR::Packer打包perl程序,具体参数参考http://search.cpan.org/~rschupp/PAR-1.015/lib/PAR/Tutorial.pod。打包的命令如下: pp -g -B -o xxx xxx.pl # -g 生成二进制程序, -B 将各种依赖项打包进去, -o 生成的文件名 解包PAR打包的perl程序 首先运行一次程序,然后在...
找了很久PBS的文档,阿里云的PBS应该是OpenPBS,现在名字叫做PBS Pro,找了很久才找到个18.2版本的说明书,虽然服务器上的是18.1,但是版本相差不大,应该也通用。 PBSUserGuide18.2.pdf 然后最近写到一个程序,想要先等某些任务执行完才继续执行后面的任务。虽然snakemake也可以qsub提交任务,但是snakemake还不是很熟练。而我的Python脚本,需要自定义计算的地方很多,用snakemake也不方便,于是就想找PBS原生的实现方法。 在网上搜索,找到 -hold_jid 和 -W depend 两种,一开始觉得 -hold_jid 这种比较简单明了,但是阿里云的 qsub 很多参数都不支持,其中 -hold_jid 就不支持。 用-W depend属性去修改...
VPS基本设置好后,开始想在上面放一些自动化的东西,那么我们就需要一个机器人,设想的目的是,我们在常用的社交软件发送一条命令或者设置好的指令,机器人就会在VPS上自动执行,并返回结果。 这种机器人,最好的示例可以参考湾区日报是如何运作的?和湾区日报的第一个 “员工”:Slack/Hubot 但是我们暂时实现不了定制化那么高的任务机器人,刚好我在telegram上看到有一个机器人,也比较简单,那么我们就用它来搭建在telegram上的机器人。效果参考下图: image.png image.png 搭建shell-bot机器人 该机器人的repo在botgram/shell-bot,参照作者给的安装流程。 创建机器人帐号 点击此链接与Telegram的BotFather聊天,发送...
家里的网络有点差,之前买的VPS,直接连接SSH,输命令时有时卡卡的,于是就想到之前看到过的mosh。引用维基百科的话来介绍一下mosh的特性。 mosh不绑定使用者端的 IP address,这使得使用者从移动网络(像是 3G、4G)与 WiFi 之间切换时,不会造成连线中断。 mosh保持连线开启,当此用者断线时,服务器端只会认定为暂时离线(sleep)让使用者可以稍候连回来。相对的,SSH 因为透过 TCP,在使用者断线时会造成连线中断。 mosh会试着在本地端马上显示使用者所输入的按键,这使得使用者会感觉到更少的延迟。 CentOS安装mosh CentOS安装mosh比较简单,使用yum install mosh就可以。如果你提示错误,参考Reference里的文章,可能需要先添加源。...
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